Els biocombustibles que hem vist s’utilitzen en motors diferents, així en un motor de biogàs o bioetanol (Cicle d’Otto) l’aire i el combustible es barregen abans d’entrar al cilindre i la combustió té lloc a partir d’una guspira generada per la bugia.

Els motors biodièsel, en canvi, no necessiten cap guspira per produir el procés d’explosió, ja que el combustible explota fàcilment gràcies a la pressió que hi ha al cilindre, provocada per la compressió i primer entra al cilindre l’aire i després el combustible.

El motor d’explosió o de gasolina (motor d’Otto) és un tipus de motor que utilitza l’explosió d’un combustible, provocada mitjançant una espurna. L’aire i el combustible es barregen abans d’entrar al cilindre. El biogàs s’utilitza en un motor d’explosió, ja que necessita una guspira per produir l’explosió, tal com passa en un motor de cicle Otto.

El motor dièsel, en canvi, és un motor dissenyat perquè funcioni amb el cicle dièsel. El funcionament és el mateix que el del motor d’Otto, però no necessita la guspira. Amb la compressió ja es produeix l’explosió gràcies a la pressió que hi ha dins el cilindre. En aquest motor l’aire entra primer al cilindre i el combustible s’injecta darrerament. El biodièsel no necessita una bugia per provocar una guspira per produir-se el procés d’explosió (com en el cas esmentat).

El biodièsel té un gran poder lubricant que fa que el motor no es desgasti tan fàcilment. L’única modificació que s’ha de fer en un motor dièsel perquè funcioni amb biodièsel, és canviar un conducte de cautxú que va del dipòsit al motor per d’un plàstic especial, ja que el biodièsel és un bon dissolvent i el podria danyar (en el cas de vehicles amb una certa antiguitat).

Els quatre temps d’un motor
	Primer temps admissió: el pistó baixa del punt mort superior fins al punt mort inferior mentre la vàlvula d’admissió està oberta entrant  l’aire. Segon temps compressió: el pistó puja cap al punt mort superior comprimint l’aire. Tercer temps explosió: l’injector introdueix el biodiesel i s’inflama el combustible generant gasos que empenyen el pistó realitzant un treball . Quart temps escapament: la vàlvula d’escapament s’obre i surt el gas de la combustió.